Возврат к списку

Технология прямой цифровой детекции NanoString

Система мультиплексного цифрового анализа nCounter SPRINT™ Profiler использует уникальную технологию NanoString и является единственным прибором, который способен в одной пробе количественно проанализировать до 800 мишеней как РНК, так и белков одновременно.

Технология NanoString позволяет проводить прямое мультиплексное измерение транскрипционной активности генов и уровня трансляции соответствующих им белков, профилирование экспрессии микроРНК и оценку копийности генов (в том числе в одной клетке) и др.. Что позволит лаборатории проводить широкий ряд исследований в области онкологии, иммунологии, нейропатологий, профилирования РНК и многих других. В основу метода положено мечение мишеней уникальными цветовыми штрих-кодами, прикрепленными к мишень-специфичным зондам и их последующая детекция. За счет исключения из технологического процесса этапа амплификации и, как следствие, связанных с ним ошибок, демонстрируется высокий уровень точности и чувствительности.

Основные преимущества метода:

• Единовременное измерение экспрессии сотен генов-мишеней/микроРНК, мишеней ДНК и десятков белков в одной реакции
• Высокая чувствительность (<1 копии на клетку)
• Полностью автоматизированная система
• Отсутствие этапов энзиматической обработки образцов
• Малые концентрации и объемы исходного материала
• Низкие требования к качеству исходного материала
• Широкий динамический диапазон
• Минимальная вариабельность результатов между лотами и сайтами тестирования

Технология заняла четвертое место в списке лучших инноваций 2013 года и была опубликована на обложке журнала Nature. На данный момент существует более 2300 публикаций с использованием технологии

1. Принцип технологии

Технология nCounter основана на прямой цифровой детекции мишеней с помощью флуоресцентных штрих-кодов. На выбранные мишени синтезируются два зонда: захватывающая проба - олигонуклеотид меченный биотином и репортерная проба – олигонуклеотид на одном своем конце содержащий уникальный цветовой штрих-код из 4 разных флуорофоров в 6 позициях. Каждая такая цветовая последовательность указывает на конкретную мишень.

В зависимости от задач структура зонда может варьироваться

Для анализа микроРНК потребуется дополнительный этап лигирования адаптеров для увеличения длинны мишени

Для анализа экспрессии белков используются антитела, к которым пришита единичная молекула олигонуклеотида фоточувствительной связью. После того, как антитела связались с белками-мишенями и все несвязавшиеся антитела отмыты, на пробу оказывается действие UV и олигонуклеотиды отделяются от антител в жидкость. Затем олигонуклеотиды анализируются по стандартной схеме.

Сам процесс работы прост и автоматизирован, что позволяет экономить рабочее время сотрудников лаборатории, не требует длительного обучения работе на приборе а также демонстрирует высокую воспроизводимость экспериментов. Требуется ручная постановка только для этапа гибридизации образцов с зондами (5 минут рабочего времени) и загрузка реагентов в прибор (5 минут)

2. Технические преимущества метода

1. Анализ без предварительной обратной транскрипции и/или амплификаци., что позволяет избежать возможных ошибок на этих этапах
2. Высокая чувствительность (<1 копии на клетку)
   Чувствительность технологии 0,1-0,5 фемтоМоль РНК мишени (7)
3. Высокая воспроизводимось, не требуются технические повторы
   Полученные данные показывают R2 = 0.99 (7), R2 > 0.98 (8) Также, в исследованиях (1) была показана высокая воспроизводимось при технических репликах, на основании чего были сделаны выводы о том, что технические повторы для данной методики не требуются
4. Минимальное влияние технических изменений (стабильность зондов, картриджа) (8)
5. Не требует большого количества исходного материала.
   
   

   Тип эксперимента	Тип материала	Минимальная концентрация	Сколько брать на анализ MAX / FLEX / Sprint (нг)
   Экспрессия генов Химерные транскрипты	РНК <400 генов	20 нг/мкл	100 / 100 /50
   	РНК >400 генов	20 нг/мкл	50 / 50 / 25
   	РНК из FFPE блоков	20 нг/мкл или >20 нг/мкл в зависимости от целостности РНК	300 / 300 / 150 См. рекомендации по пересчету кол-ва с учетом фрагментации
   Экспрессия генов	Лизат клеток (RLT)	-	До 1,5 мкл на анализ
   	Лизат клеток (buffer BioRad)	-	До 5 мкл на анализ
   микроРНК	РНК	33 нг/мкл	100 нг
   CNV	ДНК, фраг-ментированная	29 нг/мкл	300 / 300 / 150** **для лучшего разрешения, особенно в случае FFPE, можно брать 300-600 нг, а если это обогащенная ДНК (иммунопреципитация, тагет-ное NGS), то начинать экспе-рименты нужно с 2,5-50 нг
   	ДНК из FFPE блоков	29 нг/мкл
   ChIP	ДНК без амплификации	1-2 нг/мкл	10 / 10 /5
   	ДНК (whole genome amplification)	20 нг/мкл	100 / 100 /50

6. Исследование (2) показало, что при исследовании экспрессии микроРНК из парафиновых блоков (FFPE) технология NanoString требует меньшего количества исходного материала по сравнению с NGS и микроаррей. Кроме этого данные показывают, что NanoString предлагает самую низкую стоимость из представленных методов
7. Технология NanoString не требовательна к качеству образца (его деградированности) и показывает очень высокую корреляцию результатов при работе со свежими тканями и парафиновыми блоками (FFPE) R=0.9 (4)

3. Сравнение с другими методами

NanoString и ПЦР

Rémi Pescarmona с соавторами проводили сравнение NanoString и ПЦР в реальном времени для анализа экспресии генов. Полученные данные показали высокую сходимость результатов R2= 0.87

Однако, при этом технология NanoString зарекомендовала себя как более быстрая, с меньшим временем ручной работы и с большой возможностью к мультиплексированию (3)

NanoString и цифровая ПЦР

David A. Armstrong и соавторы исследовали уровень микроРНК при раке мочевого пузыря различных биологических образцах в парафиновых блоках, экзосомах выделенных из мочи, плазме крови, лейкоцитарной пленке методом NanoString. Валидацию результатов производили методом цифровой ПЦР. Результаты показали высокую корреляцию между данными полученными этими двумя методами R=0.83; R=0.88 R=0.91 (5)

NanoString, FISH и ПЦР для детекции химерных транскриптов и генов

В исследовании Kenneth T.E. Chang и сооавторов была разработана уникальная панель для детекции 174 транслокаций с помощью технологии NanoString. В рамках исследования производилось сравнение с ПЦР-РВ и FISH, и было выявлено, что NanoString имеет ряд преимуществ:

1. Подход к детекции химерных транскриптов не требует постановки нескольких реакций как FISH или ПЦР-РВ
2. Анализ значительно улучшает сроки выполнения работ и затраты на рабочую силу, позволяя при этом дать полную характеристику генов партнеров и экзон-экзонному соединению, которые потенциально могут иметь важное значение для клинической практики. Например, был обнаружен один случай широко распространенной внутрибрюшной и тазовой мелкоклеточной саркомы малого таза, который при клиническом анализе FISH был положительным по перестройке EWSR1, но негативным по перестройке WT1 и FLI1. Анализ NanoString выявил слияние EWSR1-ERG в этом случае, позволяя классифицировать его как саркому Юинга, а не как десмопластическую круглоклеточную опухоль (опухоль, которая не будет реагировать на химиотерапию Юинга)
3. Данные показали, что исследование одного образца на 174 фюжн вариантов технологией NanoString сопоставима по стоимости с одним FISH исследованием (6)

4. Реагенты для использования с системой

Производитель предлагает широкий перечень уже готовых панелей для различных областей исследования: онкология, онкогематология, нейропатологии, нейровоспаление, иммунология, аутоиммуные заболевания, стволовые клетки, микроРНК и многие другие. Большинство готовых панелей на экспрессию генов в своем составе, кроме генов различных сигнальных путей и сигнатур, отвечающих за определенные процессы, имеют сигнатуры для определения клеточного состава образца. Например, панель nCouner Human Neuroinflamation демонстрирует в процентном соотношении клетки ЦНС: нейроны, астроциты, микроглия, олигодендроциты, эндотелий и периферические иммунные клетки: B-клетки, дендритные клетки, истощённые цитотоксические лимфоциты, макрофаги, T-клетки, CD8+ T клетки, нейтрофилы, тучные клетки, цитотоксические клетки, регуляторные T-клетки, натуральные киллеры CD56dim, натуральные киллеры, CD45+ и T-хелперы 1. Также, эта панель исследует 23 сигнальных пути и процессов, затрагивающих три основные темы нейровоспаления: иммунитет и воспаление, нейробиология и нейропатология, метаболизм и стресс. Кроме сигнатур связанных с процессами, сигнальными путями и типами клеток, некоторые наборы включают специфические сигнатуры такие как PAM50 для определения молекулярного подтипа опухоли молочной железы или TIS (Tumor Inflammation Signature) которая показывает на вовлеченных и активацию иммунных клеток в микроокружение опухоли. Другой пример - панель nCounter IO 360 анализирует более 40 различных сигнатур для исследования вовлеченности иммунного ответа при онкологических заболеваниях

Готовые панели серии Vantage можно смешивать между собой и создавать панель для одновременного количественного анализа РНК и белков:

Кроме уже готовых панелей технология позволяет создавать и свои собственные панели в трех различных вариантах:

1. Готовая панель по списку генов/мишеней от пользователя
2. Химия Elements – заказываются универсальные зонды и захватывающие пробы, к которым пришиваются олигонуклеотиды в лаборатории пользователя
3. Химия PlexSet – также заказываются универсальные зонды и захватывающие пробы, но в смеси, что позволяет мультиплексировать образцы и в одной лунке анализировать не один образец на 800 мишеней, а 8 образцов по 96 мишеней (пока только для анализа экспрессии генов)

Сейчас в разработке находится набор для пришивания олигонуклеотидов к антителам фоточувствительной связью для создания кастомизированных белковых панелей на базе пользовательских лабораторий.

5. Программное обеспечение nSolver

Программное обеспечение nSolver позволяет производить анализ полученных данных и визуализировать результаты в различных форматах без использования дополнительных биоинформатических ресурсов. Система в режиме Advanced Analysis визуализирует генные сети и отмечает цветом гиперэкспрессированные гены и гены, экспрессия которых подавлена.

Базовый анализ включает в себя: диаграммы размаха (Box Plots), тепловые карты (Heat Maps), диаграммы рассеивания (Scatter Plots), скрипичные диаграммы (Violin Plots), гистограммы

Продвинутый анализ

Список литературы

1. Balko, J. M. et al. Profiling of residual breast cancers after neoadjuvant chemotherapy identifies DUSP4 deficiency as a mechanism of drug resistance. Nat. Med. 18, 1052–1059 (2012)
2. Aniruddha Chatterjee, Anna L Leichter, Vicky Fan, Peter Tsai, Rachel V Purcell, Michael J Sullivan & Michael R Eccles. A cross comparison of technologies for the detection of microRNAs in clinical FFPE samples of hepatoblastoma patients Scientific Reports 5, Article number: 10438 (2015)
3. Rémi Pescarmona et al. Comparison of RT-qPCR and Nanostring in the measurement of blood interferon response for the diagnosis of type I interferonopathies Cytokine Volume 113, January 2019, Pages 446-452
4. Patricia P Reis MRNA transcript quantification in archival samples using multiplexed, color-coded probes BMC Biotechnology 11(1):46 · May 2011
5. David A Armstrong MicroRNA molecular profiling from matched tumor and bio-fluids in bladder cancer Molecular Cancer 14(1) · December 2015
6. Kenneth T.E. Chang Development and Evaluation of a Pan-Sarcoma Fusion Gene Detection Assay Using the NanoString nCounter Platform January 2018Volume 20, Issue 1, Pages 63–77
7. Geiss GK, Bumgarner RE, Birditt B, et al. Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs. Nat Biotech 2008; 26: 317– 325
8. Veldman-Jones MH, Brant R, Rooney C, et al. Evaluating robustness and sensitivity of the NanoString Technologies nCounter platform to enable multiplexed gene expression analysis of clinical samples. Cancer Res 2015; 75: 2587–2593.