Окрашивание микропрепаратов в морфологической диагностике является важным и одним из основных этапов. Это способ выявления и идентификации структурных элементов тканей и клеток, основанный на применении красителей. 

Наиболее распространенными и чаще всего применяемыми красителями для цитологических препаратов являются красители, используемые для гематологических исследований. В частности, это краски Романовского-Гимза, Лейшмана, Май-Грюнвальд, в последнее время все большее распространение в России для мазков отделяемого с шейки матки и цервикального канала получает метод Папаниколау. 

При большом потоке исследований применяются автоматизированные системы (стейнеры), при небольшом потоке исследований для быстрого и удобного окрашивания рекомендуется использовать различные устройства: емкости, штативы с емкостями, мерные стаканчики и мерные емкости.