Метод окрашивания по Папаниколау является наилучшим для гинекологических мазков, так как этот метод полихромный, позволяет оценить степень созревания цитоплазмы (от сине-зеленого цвета в незрелых клетках до розового в клетках со зрелой цитоплазмой и оранжевого в клетках с ороговением), благодаря влажной фиксации хорошо сохраняются ядра, клеточная мембрана и структура хроматина. Краситель позволяет качественно дифференцировать степень созревания плоского эпителия и наличие патологического ороговения. Окрашивание Папаниколау контрастное, что дает качественную визуализацию клинически значимых элементов при микроскопии. Однако, методика довольно сложна и многостадийна: в процессе подготовки препарата, клетки ткани подвергаются воздействию различных красок и технологических жидкостей, окраска структурных составляющих препарата – ядра и, в особенности, цитоплазмы, многократно изменяется. 

Важно соблюдать прокотол окрашивания представленный производителем, поскольку краситель многокомпонентный и может быть представлен 4-компонентным набором, 3-х компонентным или комбинированным с различной спиртовой основой. 

Спиртовая фиксация цитоплазматических красителей обеспечивает разную кинетику вымывания красителей и дает возможность разного окрашивания в цитоплазме в цитоплазме, фактически происходит поэтапное «вымещение» гематоксилинового красителя в цитоплазме. Своего рода многокомпонентность цитоплазмы обеспечивает главное преимущество окрашивания по Папаниколау – контрастность получаемого окрашенного микропрепарата для облегчения визуализации изменений в клетках.   

Заканчивается приготовление препарата просветлением в ксилоле и заключением под покровное стекло или пленку. Заключение в случае окрашивания по Папаниколау является обязательным этапом, поскольку клетки «выцветают» при взаимодействии с воздухом и цитологическая картина искажается, а препарат не подлежит оценке. В среднем покрытие необходимо провести в течение не более получаса с момента окрашивания. Покрытие может проводиться в вытяжном шкафу «ручным методом» (ксилол, монтирующая среда, покровное стекло) или на автоматических системах. Автоматическое покрытие бывает стеклом или пленкой. Для тонких качественных или монослойных препаратов покрытие пленкой предпочтительнее, так как пленка защищает стекло от случайных механических повреждений, обладает меньшей преломляемостью при микроскопии, сокращает ошибки сканирования с 1,5% до 0,1%, то есть в 15 раз при переходе от заключения под покровное стекло на пленку.   

Окрашивание по Папаниколау требует также обязательной фиксации образца при взятии. Фиксация достигается обработкой спиртовым фиксатором или погружением в транспортную среду при работе с жидкостной цитологией.