Циль-Нильсен используется с целью выявления патогенных кислотоустойчивых бактерий (особенно палочек Коха), в гистологических срезах.
Карбол-фуксин (модификация Циля) применяется в гистологии и микробиологии с целью выявления кислотоустойчивых бактерий: Mycobacteria, Nocardia и других в тканевых образцах, мокроте, и мазках культур. 

Метиленовый синий для метода Циля-Нильсена применяется с целью контрокрашивания при методе Циля-Нильсена.   

Регистрационное удостоверение РЗН 2013/775 от 23.03.2015 на Реагенты для проведения пробоподготовки, окрашивания и заключения под покровное стекло гистологических и цитологических препаратов по ТУ 9398-001-89079081-2012